Villa Gallia è l'edificio più antico nella zona di Borgovico: venne costruita dall'abate Marco Gallio (nipote del cardinale Tolomeo Gallio) nell'area che vedeva le rovine della villa museo dell'umanista Paolo Giovio.
L'edificio è appartenuto alla famiglia Gallio sino al 1772, passando tra vari proprietari nelle epoche successive fino all'acquisizione da parte dell’Amministrazione Comunale di Como, nel 1957.
Nel corso del tempo i vari residenti hanno modificato la Villa e il suo aspetto originario è ormai visibile solo nei suoi affreschi. Simone Cantoni, nel 1815 e su richiesta di Caterina di Brunswick, curò probabilmente la modifica più imponente, aggiungendo un'ala alla costruzione e aggiornando il suo stile a quello neoclassico.
Gli ornati esterni e la darsena sono della fine dell'ottocento, curati dall'ingegner Rebecchi su commissione dell'allora proprietario, il barone Sabino Leonino.
Durante la II guerra mondiale, con l'occupazione dei comandi tedeschi, venne molto danneggiata ma con l'acquisto da parte dell'Amministrazione comunale di Como e il restauro avvenuto nei primi anni '60, la Villa ha riacquistato il suo antico fascino.